
######
CCC = g++ -DDOUBLEPARAMS
MDIR = ../../../MultiRNAFold
MLIB = MultiRNAFold
DRIVER1 = create_structural_constraints_simfold
DRIVER2 = predict_and_analyse_results_simfold
DRIVER3 = add_initial_predictions_simfold
DRIVER4 = create_thermo_constraints_simfold

#######

default: $(DRIVER1) $(DRIVER2) $(DRIVER3) #$(DRIVER4)

$(DRIVER1): $(DRIVER1).o $(MDIR)/lib$(MLIB).a
	$(CCC)  -o $(DRIVER1) $(DRIVER1).o -L$(MDIR) -l$(MLIB) -lm

$(DRIVER1).o: $(DRIVER1).cpp
	$(CCC)  -c $(DRIVER1).cpp -g -I$(MDIR)/include -I$(MDIR)/src/common -I$(MDIR)/src/simfold -I$(MDIR)/src/pairfold -I$(MDIR)/src/multifold  -o $(DRIVER1).o

$(DRIVER2): $(DRIVER2).o $(MDIR)/lib$(MLIB).a
	$(CCC)  -o $(DRIVER2) $(DRIVER2).o -L$(MDIR) -l$(MLIB) -lm

$(DRIVER2).o: $(DRIVER2).cpp
	$(CCC)  -c $(DRIVER2).cpp -g -I$(MDIR)/include -I$(MDIR)/src/common -I$(MDIR)/src/simfold -I$(MDIR)/src/pairfold -I$(MDIR)/src/multifold  -o $(DRIVER2).o

$(DRIVER3): $(DRIVER3).o $(MDIR)/lib$(MLIB).a
	$(CCC)  -o $(DRIVER3) $(DRIVER3).o -L$(MDIR) -l$(MLIB) -lm

$(DRIVER3).o: $(DRIVER3).cpp
	$(CCC)  -c $(DRIVER3).cpp -g -I$(MDIR)/include -I$(MDIR)/src/common -I$(MDIR)/src/simfold -I$(MDIR)/src/pairfold -I$(MDIR)/src/multifold  -o $(DRIVER3).o

$(DRIVER4): $(DRIVER4).o $(MDIR)/lib$(MLIB).a
	$(CCC)  -o $(DRIVER4) $(DRIVER4).o -L$(MDIR) -l$(MLIB) -lm

$(DRIVER4).o: $(DRIVER4).cpp
	$(CCC)  -c $(DRIVER4).cpp -g -I$(MDIR)/include -I$(MDIR)/src/common -I$(MDIR)/src/simfold -I$(MDIR)/src/pairfold -I$(MDIR)/src/multifold  -o $(DRIVER4).o


$(MDIR)/lib$(MLIB).a:
	cd $(MDIR); make

    
clean:    
	rm -rf *~ *.o  $(DRIVER1) $(DRIVER2) $(DRIVER3) $(DRIVER4)
    
# end of makefile
 
