> AKV-MuLV GGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCACUGUCGGGGGGC ((((((((.[[[[[[[)))).))))..................]]]]]]] ((((((((........)))).)))).......[[[[[......]]]]].. > BaEV GGGCUCUGGAGCCCCCCCCGAGCCCCGGCUAACUCUAUCUGUAGGGGGGC ((((((.((.[[[[[[[))))))))..................]]]]]]] ((((((.((.[[[[[[[))))))))[[[.[[....]].]]]..]]]]]]] > BLV GGGGGGACUUAGCGCCCCCCAAACCGU [[[[[[.....(((]]]]]]....))) ((((((........))))))....... > Bp_PK2 CCGCUGCACUGAUCUGUCCUUGGGUCAGGCGGGGGAAGGCAACUUCCCAGGGGGCAACCCCGAACCGCAGCAGCGACAUUCACAAGGAAU .((((((..(((....[[[[[[..))).((((((((((....)))))).((((....))))...)))).)))))).......]]]]]].. .((((((.[((([[[......]]])))]((((((((((....)))))).((((....))))...)))).))))))............... > Bt_PrP GCCCCAUGGAGGUGGCUGGGGCCAGCCUCAUGGAGGUGGCUGGGG ...((((((............[[[[[[))))))....]]]]]].. [[[((((((.[[[[[[....]]]].]])))))).]]]........ > BVDV_IRES GGGUAGCAACAGUGGUGAACAGCCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUGUAUUGCUACUAAAAAUCUCUGCU .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).....]]]]]]]. .(((((((((((((([[....((((....))))....]].....)))))))..)))))))............. > BWYV CGCGGCACCGUCCGCGGAACAAACGG [[[[[..((((]]]]]......)))) (((((......))))).......... > BYDV-NY-RPV GGCGGCGGCGUCCGCCGUAACAAACGC (((((..[[[[))))).......]]]] (((((......)))))........... > Cas-Br-E-MuLv GGGUCAGGAGCCCCCCCCUGAACCCAGGAUAACCCUCAAAGUCGGGGGGC ((((((((.[[[[[[[)))).))))..................]]]]]]] ((((((((........)))).)))).......[[[[[......]]]]].. > CoxB3 ACCCUACUGUGCUAACCGAACCAGAUAACGGUACAGUAGGGGUAAAUUCUCCGCAUUCGGUGCGGAAAAAAAA .((((((((((((.[[[[[[.........)))))))))))).....((.(((((.]]]]]]))))).)).... .((((((((((((................)))))))))))).....((.((((([[...]]))))).)).... > CSFV_IRES GACUAGCCGUAGUGGCGAACGACCUGAUAGGGUGCUGCAGAGGCCCACUAUUAGGCUAGUAUAAAAAUCUCUGCUG .((((((((((((((......((((....))))...[[[[[[[.)))))))..))))))).......]]]]]]].. .((((((((((((((......((((....))))[[[.....]]])))))))..)))))))................ > Ec_PK1 CGAGGGGCGGUUGGCCUCGUAAAAAGCCGC (((((.[[[[[[..))))).....]]]]]] (((((.[[[[[[..))))).....]]]]]] > Ec_PK4 GUUUGUUAGUGGCGUGUCCGUCCGCAGCUGGCAAGCGAAUGUAAAGACUGAC ((((((((((.(((.[[[.[[[))).)))))))))).........]]].]]] ((((((((((.(((........))).))))))))))................ > EIAV GGGGCUCAAGGGAGGCCCCAGAAACAAACUUUCCC [[[[[[...((((]]]]]]............)))) ((((((.......))))))................ > FeLV GGGCCAGGACCCCCCCCCCUGAGCCCAGGAUAACCUUAAGAAUAGGGGGG ((((((((...[[[[[[)))).))))..................]]]]]] ((((((((.........)))).)))).......[[[[[....]]]]]... > FIV GGGGCGAGCUGCAGCCCCAGUGAAUCAAAUGCAGC [[[[[..((((((]]]]]...........)))))) [[[[[..((((((]]]]]...........)))))) > HCV_229E CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAACAGUUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG ((((((((((((...[[[[[)))))))))))).......(((((((..]]]]].))))))) ((((((((((((........)))))))))))).......(((((((........))))))) > HCV_Ires CCUCCCGGGAGAACUGCCUGAUAGGGUGCUUGCGAGUGCCCCGGGAGGUCUCGUAG (((((((((......(((......)))((.[[[[[[.))))))))))).]]]]]]. (((((((((......((([....])))((........)))))))))))........ > HDV-It_ag GGGUCGGCAUGGCAUCUCCACCUCCUCGCGGUCCGACCUGGGCAUCCGAAGGAGGACGCACGUCCACUCGGAUGGCUAAGGGAGAGCCA (((((((........[[[[(((.......))))))))))...(((((((....((((....))))..)))))))......]]]]..... (((((((..[[[[.[[[[[(((.......))))))))))[[.(((((((.[..((((....)))).]))))))).]]...]]]]]]]]] > HDV-It_g UGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCCGAGGGGACCGUCCCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCA .(((((((..[[[[[[[(((.[[.....))))))))))]]....(((((((((((((...))))))))).)))).....]]]]]]].. .(((((((..[[[[[[[(((........))))))))))..[[..(((((((((((((...))))))))).))))]]...]]]]]]].. > HIV-1-RT-1-1 ucaagAAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAACAa .......(((((..[[[[[[)))))...]]]]]]... .......(((((........)))))............ > HIV-1-RT-1-3a gAAUAUCUUCCGAAGCCGAACGGGAAAACCGGCaucu .......(((((..[[[[..)))))....]]]].... .......(((((........)))))............ > HIV-1-RT-1-6 gAAGAAGAUUACCCAAGCGCAGGGGAGAAGCGCaucu ...........(((..[[[[.))).....]]]].... ................((((.........)))).... > HIV-1-RT-1-7 agGAAUCGACCCAAGCCAAAGGGGAUAAUGCGGCauc .........(((..[[[...)))........]]]... .........(((........))).............. > HIV-1-RT-1-8 ucaagGAUUAACCGACGCCAACGGGAGAAUGGCAGGGau ...........(((..[[[[.))).....]]]]...... ....[[.....]]...((((.[....]..))))...... > HIV-1-RT-1-9b gAGAGUAUCAUCCGUGCCGGCGGGAUAUCGGCGaucu ..........(((([[[[[[))))...]]]]]].... ..............((((((.......)))))).... > HIV-1-RT-2-10 agUAAAUGAGUCCGUAGGAGGCGGGAUAUCUCCaAcu ..........((((..[[[[[))))...]]]]].... .............[[.(((((.......))))).]]. > HIV-1-RT-2-11 gUCAUAUUACCGUUACUCCUCGGGAUAAAGGAGaucu .........(((...[[[[[))).....]]]]].... ...............(((((........))))).... > HIV-1-RT-2-12 ucaagAAUAAUCCGACUCGCGGGAUAACGAGAAGaGc ..........((((.[[[[))))....]]]]...... ..........((((.....)))).............. > HIV-1-RT-2-1b caagAAUAUAUCCGAACUCGACGGGAUAACGAGAAGaGc ..........((((..[[[[.))))....]]]]...... ..........((((.......)))).............. > HIV-1-RT-2-2b gacaaucaagUACCUAGGUGAUAAAAGGGAGAACACGUGUGa ............(((..[[[.....))).....]]]...... .[[[........(((..........))).........]]].. > HIV-1-RT-2-3a gUUAAACAUAAUCCGUGAUCUUUCACACGGGAGaucuaugaaaga ...........((((((.[[[[[[[)))))).......]]]]]]] ...........((((((.[[[[[[[)))))).......]]]]]]] > HIV-1-RT-2-4a agUAGAUAUCCGAAGCUCAACGGGAUAAUGAGCaucu ........((((..[[[[[.))))....]]]]].... ...........[[.(((((.........))))).]]. > HIV-1-RT-2-5a ucaagAUAGUAUCCGUUCUUGAUCAUCGGGACAAAUGaucu ...........[[[[.....((((((]]]]....)))))). ....................((((((........)))))). > HIV-1-RT-2-6b agUGAAACUUAACCGUUAUCAUAGAUCGGGACAAaucuauga ............[[[...((((((((]]].....)))))))) ..................((((((((........)))))))) > HIV-1-RT-2-7a agAUAUGAUCCGUAAGAGGACGGGAUAAACCUCAac ........((((...[[[[.)))).....]]]]... ........(((([......]))))............ > HIV-1-RT-2-9 ucaagGUUUCCGAAAGAAAUCGGGAAAACUGucu .......(((((..[[[...)))))......]]] ......[((((([......])))))]........ > Homo_sapiens AUACUUACCUGGCAGGGGAGAUACCAUGAUCACGAAGGUGGUUUUCCCAGGGCGAGGCUUAUCCAUUGCACUCCGGAUGUGCUGACCCCUGCGAUUUCCCCAAAUGUGGGAAACUCGACUGCAUAAUUUGUGGUAGUGGGGGACUGCGUUCGCGCUUUCCCCUG ...........((((((((((.(((((..........))))))))))).(((......(((.((..........)).)).).....)))..((((.(.((.......))))...))).))))...............(((((...(((....)))...))))). ....[[[[[..((((((((((.(((((..........))))))))))).(((...[[.((([((..........))])).)]]...)))..((((.(.(([....].))))...))).)))).........]]]]].((((([..(((....)))..]))))). > Hs_PrP GCCUCAUGGUGGUGGCUGGGGGCAGCCUCAUGGUGGUGGCUGGGG ...((((((.............[[[[[))))))....]]]]]... [[[((((((.[[[.[[.....]].]]])))))).]]]........ > Hs_SRP_pkn GCCGGGCGCGGUGGCGCGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCU (((.((((((.[[[[.)))))).....((((.]]]]...))))))). (((.((((((......)))))).....((((........))))))). > Lp_PK1 CGAGAAGGAGAUCUCUCGUAAAUAAGACUC (((((..[[[.[[))))).......]]]]] (((((........)))))............ > MMTVgag-pro GGGGCAGUCCCCUAGCCCCGCUCAAAAGGGGGAU (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] (((((.[[[[[[[.)))))........]]]]]]] > Ni_VS GGGCGUCGUCGCCCCGAGUCGUAGCAGUUGACUACUGUUAUG ((((...[[[)))).....(((((((((.]]].))))))))) (((([....])))).....(((((((((.....))))))))) > PEMV UUCCGGUCGACUCCGGAGAAACAAAGUC ((((((..[[[[))))))......]]]] ((((((......)))))).......... > PLRV-S GCGGCACCGUCCGCCAAAACAAACGG ((((..[[[[))))........]]]] ((((......))))............ > PRRSV-16244B GCCGCCAGCGGCUUGACCCGCUGUGGUCGCGGCGGCUUGGUUGUUACUGAGACAGCGG ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))...............]]]]]]] ((((((.((((((...........))))))))))))...[[[[[[.....]]]]]].. > PRRSV-LV GCCGCCAGCGGCUUGACCCGCUGUGGCCGCGGCGGCCUAGUUGUGACUGAAACGGCGG ((((((.((((((....[[[[[[[))))))))))))...............]]]]]]] ((((((.((((((...........))))))))))))...[[[[[.......]]]]].. > RA1662 GGGGCUAUAGCUCAGCUGGGAGAGCGCCUGCUUUGCACGCAGGAGGUCUGCGGUUCGAUCCCGCAUAGCUCCACCA (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).... > RG6241 GCUGUGUUAGUAUAAAGUAAUAUAUGUGAUUUCUAAUCAUGGGAUCCUUUAGGGACGUAGUACCA (((((((..((((......)))).(((((.......)))))...(((....)))))))))).... (((((((..((((......)))).((((([.....])))))...(((....)))))))))).... > RK5280 CAUUGCGAAGCUUAGAGCGUUAACCUUUUAAGUUAAAGUUAGAGACAACAAAUCUCCACAAUGACCA (((((.(..(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))).))))).... (((((.(..(((...))).(((((.......))))).....((((.......))))).))))).... > RM8530 GGGGUGGUGGCGCAGUUGGCUAGCGCGUAGGUCUCAUAAUCCUGAGGUCGAGAGUUCGAGCCUCUCUCACCCCACCA (((((((..((((.........)))).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).... (((((((..(((([[....]].)))).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).... > RR4640 GACAAAUGUUUUCAGGUCUUCUAAAUCUGUUUUGGAGAAAUCCGUUUGUUUCCA (((((((............((((((.....)))))).......))))))).... ((((((([..[[....[[.((((((.....))))))]]]]..]))))))).... > SARS-CoV UGCGGUGUAAGUGCAGCCCGUCUUACACCGUGCGGCACAGGCACUAGUACUGAUGUCGUCUACAGGGCU (((((((((((...[[[[[[[)))))))))))((((((((.........))).)))))...]].]]]]] (((((((((((...[[[[[[[)))))))))))(((((((([[....]].))).)))))...]].]]]]] > satRPV ACAGAGCGCGUACUGUCUGACGACGUAUCCGCGCGGACUAGAAGGCUGGUGCCUCGUCCAACAAAUAGAUAC ((((.[[[[[..))))........(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))) ((((.[[[[[..))))........(((((]]]]]((((....((((....)))).))))........))))) > SNV GGGUUCUCCCGCCCUCCGUGAACCCAGGCUAAAAGUUAAGGUAGGGGGGC ((((((.(..[[[[[[[).))))))..................]]]]]]] ((((((.(..[[[[[[[).))))))..[[[.........]]].]]]]]]] > SRV1gag-pro GGGGCCAGCCCCAGGCCCCGAAACAAGCUUAUGGGGC ((((((.[[[[[[))))))............]]]]]] ((((((.[[[[[[))))))............]]]]]] > T4_gene32 UGCCAGCUAUGAGGUAAAGUGUCAUAGC ((((.[[[[[[[)))).....]]]]]]] .....(((((((.[.....].))))))) > TMV-L GGGAUUCGAAUUCCCCCGGAACCCCCGGUUGGGGCCCA ...............(((...[[[[)))..]]]].... [[[[.......]]]]..[[..((((.....)))).]]. > tobacco-mosaic-virus UGCAACUUGAGGUAGUCAAGAUGCAUAAUAAAUAACGGAUUGUGUCCGUAAUCACACGUGGUGCGUACGAUAACGCAUAGUGUUUUUCCCUCCACUUAAAUCGAAGGGUUGUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAAGCGAGGGGUUCGAAUCCCCCCGUUACCCCCGGUAGGGGCCCA ((((.(((((.....))))).)))).........(((((.[[[[)))))...]]]][[[.((((((]]]...))))))[[[[.....(((((]]]]......).)))).(((((((....[[[[((((.....((((((((.....))))))))))))))))))).......]]]]((((.......))))[[[...((((]]]..)))).... ((((.(((((...[[))))).)))).........(((((]][[[)))))....[[[[...((((((......)))))).]]]]....(((((]]][[[....).)))).(((((((]]][[[[.((((.....(((((((([...])))))))))))))))))))......[[[[.((((.......)))).]]]].((((]]]].)))).... > Tt-LSU-P3-P7 AGACCGUCAAACACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGAAGAUGUAUUCUUCUCAUAAGAUAUAGUCGG .(((((.((....[.[[[[[..)).))))).(((((((.....)))))))........]]]]]]. .(((((.((.............)).))))).(((((((.....)))))))...............